داستان فیلم تاپ گان ماوریک از این قرار است که کاپیتان پیت ماوریک، خلبان آزمایشی پس از سی سال خدمت، به طور عمدی از ارتقای رتبه خود طفره رفته‌ و حالا فراخوانده می‌شود تا مسئولیت آموزش گروهی از فارغ التحصیلان تاپ گان را برای یک ماموریت تخصصی به عهده بگیرد.