اولین کار بزرگ رابرت کخ زمانی بود که بیماری سیاه زخم شیوع پیدا کرد و او توانست با ابداع یک نوع ژله به نام ژله ی آگار حرکات باکتری ها را کاهش دهد و بدین وسیله مطالعات روی آن ها را آسان تر کند. او برای کشف علل این بیماری یک سرنگ حاوی عامل سیاه زخم را به یک خرگوش سالم تزریق کرد و مشاهده نمود که باکتری ها در ریه خرگوش تکثیر شدند و او را بیمار کردند، به همین علت رابرت کخ کاری که لویی پاستور نتوانست به سرانجام برساند، یعنی علت و عامل بیماری سل، را کشف کرد.